Sininen kuvaa vettä ja mustavalkoraidat rotujen välistä rauhaa. Mustavalkovärit viittaavat myös seepraan, joka on kansalliseläin.
Lipun värit - sininen, musta ja valkoinen - ovat myös kansallisvärit. Ne alkoivat muotoutua kansallisiksi väreiksi maan kansallisen heräämisen aikoina 1880-luvulla. Aluksi lippu oli Viron ylioppilaiden seuran symboli, 1800-luvun loppuun mennessä värit oli hyväksytty lipun väreiksi. Viron parlamentti vahvisti sinimustavalkoisen trikolorin aseman valtiolippuna 1922. Lippu kiellettiin 1940 Neuvostoliiton miehitettyä Viron. Lipun värejä ei saanut yhdistellä myöskään muilla tavoin. Lipun sinistä väriä kutsuttiin 'ruiskaunokin siniseksi' (alunperin sovittiin, että sekä Viron että Suomen lipuissa käytetään samaa ruiskukansinistä) - siksi neuvostoviranomaiset kielsivät ruiskaunokin käytön. Vuoden 1969 laulujuhlilla koriste-ruiskaunokit maalattiin punaisiksi ja muutettiin 'neilikoiksi'. 1991 viron lippu otettiin jälleen käyttöön, mutta nykyään sen sininen väri poikkeaa Suomen lipun sinisestä.